Ers 1989, cyflawnodd Asiantaeth yr Amgylchedd (a’i sefydliad rhagflaenydd yr Awdurdod Afonydd Cenedlaethol) raglen fonitro helaeth i benderfynu effaith yr Argae ar bysgod ymfudol.  Y rhain yw’r rhywogaethau pysgod sy’n byw yn y môr, ond sy’n dychwelyd i’r afonydd lle’u ganed i fwrw grawn, h.y. Eog a Brithyll Môr.  Mae’r rhaglen sydd ohoni yn cynnwys amrywiaeth o weithgareddau monitro gan gynnwys:

Yn ogystal, mae Asiantaeth yr Amgylchedd yn rhyddhau 50,000 o leisiaid eog i’r Afon Taf bob blwyddyn fel lleddfiad tybiedig mewn perthynas ag adeiladu’r argae. Ail-asesir angen ac ehangder y rhaglen hon ar ôl gwerthuso’r data a geir o’r rhaglen fonitro tymor hir.  Caiff y gleisiaid eu codi yn neorfa bysgod Asiantaeth yr Amgylchedd yn Cynrig ym Mannau Brycheiniog.

Mae’r Asiantaeth hefyd yn cyflawni arolygon pysgod breision ar ran Awdurdod Harbwr Caerdydd.  Mae’r rhain yn cynnwys rhwydo-seine ac arolygon hydro-acwstig.  Pysgod breision ydyw’r rhywogaethau sy’n bridio ac sy’n byw mewn dwr croyw, a’r rhywogaethau a gofnodir ym Mae Caerdydd hyd yma yw: